La península de Yucatán divide al Golfo de México del Mar Caribe; estos dos aunque esencialmente son un solo mar, son radicalmente distintos; a simple vista podemos notar que son opuestos entre si: azules y cristalinas las aguas del caribe; verdosas y turbias las del Golfo. Hay algunas diferencias no tan evidentes; en el Golfo la plataforma continental se prolonga a gran distancia de la costa en cambio en el caribe es muy angosta.
También son muy diferentes por su origen: El Golfo es el producto de un hundimiento de un gran sector de la corteza terrestre. El Caribe en cambio, mas antiguo es producto de gigantescos procesos de desplazamiento y plegamiento de la corteza terrestre como las que formaron la cordillera de los Andes.
Quizás la diferencia mas significativa entre estos dos mares es su abundancia biológica; El golfo es un hervidero de vida y es da las zonas pesqueras mas ricas del mundo. En cambio el caribe es muy escaso en su vida animal y vegetal.

La extraordinaria transparencia de las aguas del caribe es causada precisamente por su pobreza biológica; esto se debe a que es un mar cálido y profundo. En el mar como en la tierra la base de la vida son las plantas, en este caso el fitoplancton; a cientos o miles de metros de profundidad en donde es escasa la luz solar los nutrientes están muy lejos. Aquí por no haber cambios significativos en la temperatura no se dan los intercambios verticales de masas de agua entre la superficie y el fondo, como en los mares mas templados o fríos donde desciende la temperatura en la época invernal. En los mares tropicales el sol brilla intensamente todo el año, aunque la fuerte radiación solar podría permitir una abundante vida vegetal, esto no ocurre por falta de nutrientes que permanecen en el fondo fuera del alcance de los vegetales flotantes de la superficie. En general los mares tropicales son pobres en plancton como se puede observar a lo largo de las costas del Caribe mexicano de hecho la fuente de materia orgánica, y de ahí su gran importancia, son los manglares y humedales que bordean la costa.
Esta relativa pobreza de las aguas del caribe tiene una ventaja; al tener poco plancton es muy transparente y esto permite el crecimiento de grandes formaciones de coral que son el hogar de la mayoría de las especies que aquí habitan, es como un oasis en el desierto, es el arrecife.
A lo largo del litoral de Quintana Roo y por cientos de kilómetros desde Cancún hasta Honduras, se extiende una gran cadena de arrecifes muy cercana a la costa es el gran arrecife mesoamericano.

A esta cadena arrecifal se le considera la segunda del mundo por sus dimensiones después de la gran barrera de Australia; aunque esta es mucho mayor en longitud y sobre todo en anchura.
Esta cadena no es continua sino interrumpida en su parte mas norte y comienza a extenderse y volverse ininterrumpida hasta después de Tulum siendo en Belice donde alcanza su mayor amplitud.
Su longitud total es de casi mil kilómetros.
Es un arrecife bastante joven geológicamente con solo 20 mil años de antigüedad y estos se formaron sobre restos de otros mas antiguos. Según los estudios científicos en la época de la ultima glaciación, al descender la temperatura y grandes masas de agua atrapadas en glaciares; el nivel del agua en las costas se alejo considerablemente provocando la mortalidad generalizada del arrecife; la costa oriental al verse desprotegida de la protección de la barrera coralina Fue carcomida por el oleaje formando un escalón rocoso. Al final de la glaciación aumento la temperatura del agua, restableciendose el coral y creciendo como arrecife bordeante; al fusionarse el hielo se elevó nuevamente el nivel del agua invadiendo terreno a la linea coralina y así comenzó su crecimiento hacia arriba y al final quedo ligeramente separada del mar en ese delgada linea de formaciones coralinas que es el arrecife mesoamericano con su laguna posterior.

Los grandes arquitectos del arrecife son son los pólipos; que son diminutos organismos invertebrados de tan solo unos milímetros de largo que al filtrar las sustancias disueltas en el agua construyen un esqueleto de calcio que al agruparse en colonias cubiertas de un tejido vivo que forman esa masiva y hermosa obra que empequeñece las grandes construcciones del ser humano.
Los arrecifes contienen una gran cantidad y diversidad de especies y son muy valiosos desde diferentes puntos de vista.
En principio, son son una especie de rompeolas naturales que amortiguan el embate de la marejada durante huracanes y tormentas.
En segundo lugar, son importantes como fuente de riqueza pesquera; en el arrecife hay una gran cantidad y diversidad de peces crustáceos y otros organismos de valor comercial. De 350 especies de peces clasificados en el Caribe 180 tienen un valor comercial en mayor o menor medida.
Finalmente desde el punto de vista turístico son un gran atractivo para los aficionados al buceo; especialmente en esta zona por ser de fácil acceso.
Incluso las playas del Caribe son producto de los arrecifes coralinos ya que su blanca y fina arena esta formada por restos pulverizados de corales, algas calcáreas y otros organismos que ahí viven.